Την επίβλεψη της διπλωματικής εργασίας αναλαμβάνει ένα από τα μέλη Δ.Ε.Π., ή ΕΔΙΠ ή Επιστημονικοί συνεργάτες ή Ερευνητές αναγνωρισμένων ερευνητικών ιδρυμάτων, κάτοχοι διδακτορικού, διδάσκοντες του Π.Μ.Σ. με πλήρη ακαδημαϊκά προσόντα και ερευνητική εμπειρία. Τα θέματα της διπλωματικής εργασίας ανακοινώνονται εγγράφως στη Συντονιστική Επιτροπή προς έγκριση. Το εύρος της διπλωματικής μεταπτυχιακής εργασίας ποικίλει αναλόγως το θέμα της, δεν μπορεί να είναι όμως λιγότερο από 10.000 λέξεις.
Για την εξέταση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας ορίζεται τριμελής επιτροπή τα μέλη της οποίας πρέπει να έχουν σχετική ειδικότητα με το αντικείμενο και συναφές επιστημονικό έργο. Η τριμελής επιτροπή εξέτασης βαθμολογεί τη διπλωματική εργασία με βάση τα οριζόμενα κριτήρια και συντάσσει πρακτικό εξέτασης, το οποίο κατατίθεται στη γραμματεία του ΠΜΣ.